Данная позиция ФНС России согласована с Минфином России и обоснована следующим.
Выплата компенсации за каждый процент утраты профессиональной трудоспособности установлена Федеральным отраслевым соглашением по угольной промышленности Российской Федерации на 2010 - 2012 годы.
Поскольку указанный документ не относится к законодательству РФ, то оснований для освобождения от налогообложения НДФЛ указанных компенсационных выплат в соответствии с пунктом 3 статьи 217 НК РФ не имеется.
Кроме того, указано, что затраты организации на выплату такой компенсации не могут быть отнесены к расходам, учитываемым при исчислении налога на прибыль организации на основании пункта 3 статьи 255 НК РФ (в т.ч. расходы компенсирующего характера, связанные с условиями труда), а также подпункта 13 пункта 1 статьи 265 НК РФ (в т.ч. возмещение причиненного ущерба), поскольку являются компенсацией морального вреда, и под действие указанных положений не подпадают.
Вместе с тем отмечено, что в настоящее время ведется работа по подготовке законопроекта о внесении изменений в НК РФ, направленного на освобождение от налогообложения НДФЛ компенсационных выплат работникам, утратившим профессиональную трудоспособность.
Письмо ФНС России от 16.05.2012 № ЕД-4-3/8057@ "О порядке учета в целях налогообложения сумм единовременной выплаты компенсации за каждый процент утраты профессиональной трудоспособности"