Ответ:
По мнению Минфина, вычет налога на добавленную стоимость, предусмотренный пунктом 2 статьи 171 Кодекса, на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет основных средств нормами Кодекса не предусмотрен. Поэтому если налогоплательщик решится на такое "дробление" сумм "входного" НДС по ОС, то, скорее всего, у него возникнут разногласия с налоговиками. Те, как показывает практика, могут часть вычета принять, а остальное нет. Однако в последнее время стали появляться решения арбитров, допускающие прием суммы "входного" НДС к вычету частями по приобретенным ОС. Для исключения рисков претензий налоговых органов вычет НДС по основным средствам лучше применять сразу в полном объеме в пределах трех лет после принятия их на учет. Счет-фактуру при этом зарегистрируйте в книге покупок за тот квартал, в котором заявляете вычет, в обычном порядке (п. п. 1, 2 Правил ведения книги покупок).
Правовое обоснование:
Вы можете принять к вычету НДС по приобретенным товарам (работам, услугам, имущественным правам) по одному счету-фактуре частями, то есть в разных кварталах. Для этого нужно уложиться в трехлетний срок для применения вычета (п. 2 ст. 171, п. 1.1 ст. 172 НК РФ, Письма Минфина России от 04.09.2018 N 03-07-11/63070, от 12.09.2017 N 03-07-10/58705).
Нельзя частями принимать НДС к вычету по купленным основным средствам, оборудованию к установке и нематериальным активам. По ним НДС к вычету заявляйте в полном объеме после их принятия на учет (п. 1 ст. 172 НК РФ).
В соответствии с пунктом 1.1 статьи 172 Кодекса указанные налоговые вычеты могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком товаров (работ, услуг).
В то же время необходимо учитывать, что согласно пункту 1 статьи 172 Кодекса вычеты сумм налога, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов, указанных в пунктах 2 и 4 статьи 171 Кодекса, производятся после принятия на учет данных основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов в полном объеме.
Таким образом, вычет налога на добавленную стоимость, предусмотренный пунктом 2 статьи 171 Кодекса, на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет основных средств нормами Кодекса не предусмотрен.
Кассационная инстанция, заняв сторону налогоплательщика, сделала вывод: НК РФ не исключает возможности применения вычета сумм НДС за пределами налогового периода, в котором основные средства приняты на учет (но в пределах трехлетнего срока), и не содержит запрета на частичное принятие налога к вычету в отношении основных средств, поскольку это является правом, а не обязанностью налогоплательщика. При переносе налогового вычета на более поздний период бюджету не наносится ущерб, поэтому оснований для запрета разделения вычета на несколько налоговых периодов не имеется.
Добавим: в судебной практике можно встретить примеры с такими же выводами и ссылками на ст. 173 НК РФ (см., например, Постановления АС ПО от 10.06.2015 N Ф06-24390/2015 по делу N А12-38088/2014, ФАС МО от 16.02.2011 N КА-А40/216-11 по делу N А40-43623/10-129-217).
АС ЦО в Постановлении от 12.12.2019 N Ф10-5630/2019 по делу N А68-11589/2018 признал принятие НДС к вычету частично правомерным, поскольку НДС может быть принят к вычету и за пределами периода, в котором основные средства оплачены и поставлены на учет. К тому же такая возможность (принятия налога к вычету частично) вытекает из правовых позиций высших судей (п. 27, 28 Постановления Пленума ВАС РФ N 33 и Постановление Президиума ВАС РФ от 15.06.2010 N 2217/10).
Вместе с тем (и это нельзя не учитывать) есть и другие судебные решения, в которых поддерживается подход Минфина и ФНС.
Статья: Основное средство: о применении вычетов по НДС частями (Шелег Е.Е.) ("НДС: проблемы и решения", 2021, N 2) {КонсультантПлюс}
