Ответ:
Да, должна. Организации при переходе на автоматизированную УСН не освобождаются от ведения бухгалтерского учета. Бухучет нужно вести как обычно. Некоторым категориям организаций разрешается применять упрощенные способы ведения бухучета.
Правовое обоснование:
Организации при переходе на автоматизированную УСН не освобождаются от ведения бухгалтерского учета. Бухучет нужно вести как обычно. Некоторым категориям организаций разрешается применять упрощенные способы ведения бухучета (ч. 4 ст. 6 Закона о бухгалтерском учете). Например, такое право есть у субъектов малого предпринимательства, если их бухгалтерская (финансовая) отчетность не подлежит обязательному аудиту (п. 1 ч. 4, п. 1 ч. 5 ст. 6 Закона о бухгалтерском учете).