С заявлением о возврате госпошлины нужно обратиться в ФНС или ее территориальный орган по месту зачисления пошлины.

Похожее разъяснение по поводу пошлин, связанных с обращением в суды общей юрисдикции, Минфин давал в январе.

Документ: Письмо Минфина России от 02.11.2017 N 23-05-09/72172